Chimiko Institut Moskva химико-технологический институт по специальности инженер-технолог (технология электрохимических производств). С 1971 по 1974 год, обучался в аспирантуре того же института. В 1974 году защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата химических наук[2]. Принят на работу в Российском химико-технологическом университете на кафедру «Процессы и аппараты химической технологии».
С 1975 по 1986 год работал в качестве старшего научного сотрудника во Всесоюзном научно-исследовательском институте химических средств защиты растений. С 1976 по 1982 год одновременно работал доцентом в Московском институте повышения квалификации руководящих работников и специалистов Министерства химической промышленности СССР[2].
С 1988 года — член Международного биоэлектрохимического общества[2].
В 1990 году, когда старообрядческой общине Курска был передан Успенский храм XVIII века, старообрядцы пригласили его занять должность священника: «случилось так, что меня совершенно неожиданно нашли в Москве старообрядцы. Они сказали, что курской общине возвратили храм и приходу срочно нужен священник»[3].
В 1990 году был пострижен в иночество с наречением имени Аполлинарий, рукоположен в сан священноинока архиепископом Геннадием и в январе 1991 года направлен на приходское служение в Курск, продолжая совмещать служение с преподаванием в институте. По собственному признанию: «Возникла странная ситуация — я продолжал работать в Московском химико-технологическом институте имени Д. И. Менделеева и вместе с тем был священником. Вначале было очень сложно: я разрывался между лекциями и богослужениями. Через два года руководство университета пошло мне навстречу, под меня стали подстраивать расписание занятий»[1].
С 1996 года — член Нью-Йоркской академии наук[2]. Как известно, членом этой академии может стать любой, кто заплатит установленную сумму.
На соборе 4—5 сентября 1997 года попросил разрешить ему совмещать служение в качестве священника в Курском храме и работу в качестве преподавателя в Московском химико-технологическом университете им. Менделеева до апреля 2001 года, поскольку в апреле 1996 года он заключил с этим высшим учебным заведением трудовой контракт на пять лет для научно-исследовательской работы, и письменно пообещал оставить светскую работу в апреле 2001 года и целиком посвятить себя служению Церкви. С этим условием Заседание Совета епископов приняло решение, позволяющее священноиноку Аполлинарию до апреля 2001 года совмещать служение в церкви и работу преподавателя в Московском химико-технологическом университете им. Менделеева[4].
В декабре 1999 года возникли разногласия со вновь назначенным епископом Курским Львом, выражавшим неудовольствие относительно частых поездок Аполлинария в Европу и Америку на научные конференции по биоэлектрохимии и богословию без его разрешения. Аполлинарий, со своей стороны, выдвинул против священноначалия Русской древлеправославной церкви обвинения в тесном сотрудничестве с Белокриницкими старообрядцами, в признании троеперстия равноспасительным двоеперстию, а также в применении тоталитарных методов управления церковью[5]. 23 декабря 1999 года иеромонах Аполлинарий объявил об отделении курского прихода от Новозыбковской иерархии.
29 ноября 1999 года архиепископом Аристархом (Калининым) был запрещён в служении, но отреагировал обвинениями архиепископа Аристарха в ереси и объявил о своем отсоединении. 23 декабря 1999 года решением Совета Новозыбковской архиепископии священноинок Аполлинарий был лишён сана.
Архиерей
В 2000 году единолично рукоположён в архиерейское достоинство епископом Тульчинским Евмением (Титовым), управляющий древлеправославными общинами в Румынии, который поддержал Аполлинария в его претензиях к руководству Архиепископии[1].
19 апреля 2000 года епископа Аполлинария задержали в Брянской области на границе с Белоруссией со старообрядческими книгами, которые посчитали контрабандой в связи с чем было возбуждено уголовное дело по статье 188 часть 2 УК РФ (контрабанда культурных ценностей), которое передали в Брянское отделение ФСБ. Брянский суд приговорил епископа Аполлинария к трем годам лишения свободы, однако его сразу амнистировали по случаю 55-летия окончания Второй мировой войны. Епископ Аполлинарий не признал себя виновным и до настоящего времени борется за отмену решения суда.
В 2000—2001 годы сторонники архиепископа Александра (Калинина) предпринимали четыре попытки силой отнять курский храм у сторонников Аполлинария[5].
23 февраля 2001 года за раскольническую деятельность иерархией Новозыбковской архиепископии соборно отлучен от Церкви.
В 2003 году официально зарегистрировал в органах юстиции Курскую епископию.
В результате судебного процесса и силовых акций в мае 2005 года епископа Аполлинария и его последователей изгнали из Успенского храма Курска, и богослужения стали совершаться в ветхой церковной сторожке. 29 августа 2010 года освятил место строительства нового храма своей Церкви на улице Звёздной в Курске. Община, настоятелем которой был Аполлинарий (Дубинин), насчитывала на то время более 600 человек. Постоянно там служил священноиерей Тимофей Харнаныкин[5].
Согласно Деяниям Освященного Собора Русской Древлеправославной Церкви, «с течением времени его отношение к Церкви и её священноначалию смягчилось, а 5 марта 2016 года бывший священноинок Аполлинарий в Московской резиденции Патриарха Александра (Калинина) написал на имя Освященного Собора покаянное письмо, в котором в частности засвидетельствовал, что „несправедливо отделился в 1999 году от священноначалия Русской Древлеправославной Церкви, в чём раскаиваюсь, и прошу принять меня в церковное общение“. Сам бывший священноинок Аполлинарий по объективной причине не смог лично прибыть на Собор, о чём по телефону уведомил Патриарха Александра. Несмотря на это Собор всячески приветствует доброе намерение бывшего священноинока Аполлинария и свидетельствует, что Церковь с самой искренней любовью готова принять своего некогда утерянного сына и не воспомянет ему никаких ошибок, радуясь его покаянию и желанию мира. В этой связи Собор благословил Патриарха Александра — духовного отца бывшего священноинока Аполлинария, взять его на исповедь и затем принять в церковное общение в чине инока согласно церковным правилам»[6].
Тем не менее примирение с РДЦ не состоялось. В «Заключении Комиссии Русской Православной старообрядческой Церкви по диалогу с Древлеправославной Архиепископией…» 2017 года указывалось, что «епископ Аполинарий (Дубинин) в настоящее время не участвует в управлении церковными делами по состоянию здоровья»[7]. В ноябре 2019 года выступил с приветственным словом в XIII международной научно-практической конференции «Старообрядчество: История, культура, современность» в Москве, где был представлен как епископ Древлеправославной архиепископии[8].
Постоянно проживал в Щёлкове (Московская область).
